考古院担负着国家博物馆考古发掘与学术研究的重要职责，现有在职40人，派遣2人，研究馆员5名，副研究馆员8名，有博士学历的共11名，下设民族与边疆地区考古、田野考古、科技考古、环境考古四个研究所及公共考古办公室。进入新时代以来，国家博物馆考古工作者通过深入扎实的考古活动，扩大国家博物馆藏品来源，丰富考古发掘品种类形态，为立体化的呈现和阐释中华文化多元一体、中外文明交流互鉴提供代表性物证，为深化对中华文明整体性和多样性的认识提供物证支撑;从服务国家和国博事业发展全局出发，以民族与边疆地区考古研究为工作重心，巩固提高田野考古作为国博考古的主体工作和主要方向地位，服务国家“一带一路”倡议；拓展研究视野，增加科技考古力量、加强环境考古研究，促进多学科协作和馆内馆外合作研究。